Existen dos teorías acerca del origen de esta comunidad. La primera de ellas es que con el fin de evitar las epidemias que azotaban las partes bajas de la costa, los totonacas buscaron lugares completamente alejados e inaccesibles donde poderse aislar y protegerse contra esas endemias, como la varicela, la viruela, el vómito negro, motivo que les hizo emigrar hacia estas montañas. Otra teoría asienta que al ser reprimidos primero, por el Imperio del Totonacapan asentado en el Tajín y posteriormente por los españoles, los totonacas, enemigos de la guerra y amantes de la paz, huyeron de las costas hasta tocar las estribaciones de la Sierra Madre Oriental, lugares de difícil acceso para los conquistadores.
Cabe hacer mención que el nombre de “Santo Domingo” se le debe a los frailes que, en la Época Colonial, llegaron a estas tierras con la misión de evangelizar a sus moradores. Estos misioneros se dieron a la tarea de legalizar la situación política de las tierras de la región, dirigiéndose, en aquella época, al señor Don Luís De Velasco, Virrey y Capitán General de la Nueva España, de quien obtuvieron como respuesta a su petición el siguiente documento:

“MERCED al común de Santo Domingo, en nombre de su Majestad, Rey de España, y sin perjuicios de su derecho ni del otro tercero, otorgo Merced al común y naturales del pueblo de Santo Domingo, para propios de su comunidad, un sitio de estancia para ganado mayor y seis caballerías de tierra en términos de Mecatlán y Coahuitlan, que linde por la parte Levante con el Río Grande que corre de sur a Norte, en el Sur con el pago que dicen “La Letra” y con los que en lengua totonaca le conocen por Tillat’puente, hacia el Poniente linde con el pago que dice “Leagca” y por el Norte con tierras y términos de Mecatlán y Coahuitlán, quedando adentro dicho pueblo de Santo Domingo.

Lo cual por mi mandato y comisión fue a ver y vido Bernardo Rodríguez de Salgado, corregidor que fue del pueblo de Xonotla quien practicó las diligencias y averiguaciones necesarias conforme a lo que se le mandó, declaró y dio por parecer estar sin ningún perjuicio y podérsele hacer dicha Merced.

Que dentro del año siguiente se pueble, labren y cultiven el dicho sitio y caballerías de tierra o la mayor parte de ella y con la calidad de que todas éstas tierras han de ser para su labranza, sementeras y crianza de ganado y en ningún tiempo no las pueden vender, tocar ni enajenar a persona alguna so pena de por el mismo caso esta Merced sea en sí ninguna é de ningún valor y efecto y quede vaca la posesión que tomaré el dicho común é naturaleza mando que no sean despojados sin ser primero oídos y por fuero y derecho vencidos ante quien y con derecho debe.”

Les fue otorgada en la Ciudad de México, el día cinco del mes de enero del año de mil quinientos noventa y tres.

Esta Merced y Constancias fueron tomadas de las originales en los volúmenes 24, 1584 y 2914 del Ramo de Tierras y a fojas 67 vueltas del volumen 74 de Mercedes del Archivo General y Público de la Nación, con las diligencias de visita y demarcación del pueblo de Chumatlán, Veracruz, y sus sujetos, con los mandamientos relativos a la restitución de naturales y licencia impenetrada por los naturales de Mecatlán y Coahuitlán.
Posteriormente por decreto del 5 de noviembre de 1932, el pueblo de Santo Domingo pasó a llamarse Filomeno Mata, sin embargo mucha gente mayor de la región sigue conociendo a este pueblo como Santo Domingo, aunque ahora muchos jóvenes prefieren llamarle “filo” con eso de que todo se quiere abreviar. 

 Es importante distinguir que Metztitlan no es una palabra totonaca, es de origen náhuatl, recordemos que el imperio azteca domino estas regiones y por lo tanto tradujo al náhuatl los nombres de los pueblos, lugares y parajes conquistados, el termino meztli se traduce como luna o mes, pero el nombre del lugar en lengua totonaca se desconoce, cabe hacer mención que luna en totonaco es pa´pa, pero no se ha encontrado ninguna referencia con este termino.

No así para los municipios aledaños a Filomeno Mata, que si se mencionan los nombres de los lugares en totonaco tales como Mecatlan y Coahuitlan, ya que el término Mecatlan proviene del náhuatl meca que significa cuerda o cuameca=bejuco y que significa “lugar de cuerdas o bejucos”, así mismo tenemos que a este lugar en totonaco se le llama ka´mayakni en donde ka´ es lugar mayakni o mayak es bejuco por lo tanto se traduce como “lugar de bejucos” tenemos entonces que Mecatlan (de origen náhuatl) y Ka´mayakni (totonaco) significan lo mismo.

Para el caso del municipio de Coahuitlan tenemos una situación semejante a la anterior ya que Coahuitlan provine del náhuatl Cuahui que significa árbol y el termino significa “lugar de arboles” o de “grandes arboles” y en totonaco esto es ka´kiwinintn en donde ka´ es lugar y kiwinintn o kiwi es árbol por lo tanto es “lugar de arboles”, de tal modo que Coahuitlan y ka´kiwuhinintn significan lo mismo.

 Por lo tanto inferimos que estos lugares no perdieron sus nombres en lengua totonaca una vez que fueron conquistados por el imperio azteca mas sin embargo metztitlan si, o tal vez este lugar no tubo un nombre especifico en totonaco y fue bautizado así posteriormente. 
   El escudo del municipio fue elaborado en el año 2002 tal como se observa en la inscripción. El escudo esta compuesto básicamente de cuatro figuras que son representativas del lugar, en el fondo se observa un cerro en media luna que es la forma que tiene el pueblo de Filomeno Mata sobre el cerro una nube o neblina característica de la serranía con una luna llena iluminando el lugar, que puede decirse que es el “lugar de la buena luna” en la parte inferior se observa una planta de maíz, que es el alimento básico no tan solo del lugar si no de México, al lado del maíz están dos arboles que representan la gran vegetación del lugar así como pueden ser las maderas preciosas y para la construcción, al lado de esta se encuentra una rama de café con la cerezas bien definidas, el café fue por mucho tiempo motor de la economía del municipio, y aunque actualmente este producto agrícola esta sumida en una eterna crisis de precios la gente del lugar sigue trabajando el cultivo ya sea propio o como jornaleros en la grandes fincas cafetaleras cercanas al municipio en el vecino estado de Puebla. Al centro de estas tres imágenes se observa una mula cargada con sacos de café, ya que por mucho tiempo ha sido el principal medio de transporte, por lo accidentado de la geografía municipal es difícil sustituir este medio de transporte.